Die jüdische Gemeinde, die um die Jahrhundertwende rund 180 Mitglieder zählte, hatte 1937 nur noch 38 Mitglieder vor Ort. Wie überall in Deutschland wurden die Jüdinnen und Juden in der Zeit des Nationalsozialismus systematisch ausgegrenzt, herabgewürdigt, unter Druck gesetzt und schließlich in ihrer Existenz bedroht und vernichtet. 

Die damaligen Institutionen, Industrie- und Handelskammer, Stadt, Regierungspräsident und Gauleitung, erzwangen von der Jüdischen Gemeinde 1938 den Abbruch der Synagoge und den Verkauf zu einem viel zu niedrigen Preis

Seit 1950 erinnerte ein Gedenkstein an die ehemalige Synagoge. Aufgestellt haben ihn jüdische, so genannte Displaced Persons, die der Geschichte der hiesigen jüdischen Gemeinde nachforschten. Angefertigt hat ihn Steinmetzmeister Dörries.

Mit den Jahren wuchs, gerade auch bei den Teilnehmern der jährlichen Gedenkfeiern die Überzeugung, die Gedenkstätte zu überarbeiten, sichtbarer und würdiger zu gestalten. Im Jahr 2012 gab es den Ratsbeschluss zur Neugestaltung. Die Ehrenvorsitzende der Gesellschaft für Christlich-Jüdische Zusammenarbeit Lüneburg e. V., Ela Griepenkerl, hatte die Initiative für die Neugestaltung ergriffen und den Kontakt zu Architekt Carl-Peter von Mansberg hergestellt. In einem Arbeitskreis haben sich viele Stellen im Entstehungsprozess eingebracht, neben Hansestadt und Gesellschaft, auch die Kirchen, die Geschichtswerkstatt, die VVN, das Museum, Prof. Dirk Stegmann, die Stiftung Niedersächsische Gedenkstätten, der Kultur- und Partnerschaftsausschuss und viele mehr.

Am 9. November 2018, dem 80. Jahrestag der Pogromnacht, wurde die neue Gedenkstätte eingeweiht.

Die Gesamtkosten beliefen sich auf 240.000 Euro, finanziert wurde das Projekt maßgeblich durch Spenden. Die Gesellschaft für Christlich-Jüdische Zusammenarbeit Lüneburg e.V. hat die Einwerbung der Spendengelder unter Schirmherrschaft des damaligen Oberbürgermeisters Ulrich Mädge übernommen.

50.000 Euro kamen von der Hansestadt Lüneburg, ebenso 50.000 Euro von der Sparkassenstiftung Lüneburg, weitere 25.000 Euro trugen die Industrie- und Handelskammer Lüneburg (IHK) sowie 20.000 Euro der Landkreis Lüneburg.

Hinzu kamen Spenden der Lutherischen Landeskirche, der Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen, des Landesverbandes der Jüdischen Gemeinden Niedersachsen, des Bistums Hildesheim, des Dekanats Lüneburg und des Lüneburger Unternehmers Henning J. Claassen. Weitere Unterstützer des Projekts sind das Museum Lüneburg und die Geschichtswerkstatt Lüneburg. Insgesamt hat die Gesellschaft für Christlich-Jüdische Zusammenarbeit Lüneburg e. V. mehr als 48.000 Euro in Form von Einzelspenden und Kirchenkollekten gesammelt.

Architekt der Gedenkstätte ist Carl-Peter von Mansberg aus Lüneburg. Bei seinem Entwurf hat sich von Mansberg intensiv mit den alten Bauplänen und dem ursprünglichen Grundriss der ehemaligen Synagoge auseinandergesetzt.

Alle Maße der Gedenkstätte beziehen sich mit 7,30 Meter Länge mal 7,30 Meter Breite und 2,26 Meter Höhe auf den Goldenen Schnitt. Diesem entsprechen in ihren Maßen auch die vier Gedenktafeln an den Innenwänden der Gedenkstätte. Sie erinnern an die jüdischen Familien und Opfer des Holocaust, die seit der Einweihung der Synagoge 1894 in Lüneburg gelebt haben. Die Familiengeschichten und Hintergründe wurden aufwendig von der Geschichtswerkstatt Lüneburg recherchiert. 

Das Muster der durchbrochenen Eisenstäbe an den Seiten der Gedenkstätte symbolisiert die Zerstörung durch den Holocaust. Dabei wiederholt sich keines der Muster, jedes Feld ist einzigartig gestaltet. 

Die Stele der ehemaligen Synagoge, die in den 50er Jahren auf dem Grundstück aufgestellt wurde, befindet sich nun in der Mitte der Gedenkstätte. Umrahmt wird sie von einem sechseckigen Davidstern, der als Muster in die Sandsteinplatte des Bodens eingelassen ist. Im Hintergrund findet sich als Halbrelief eine in die Betonwand eingelassene Menora, der siebenarmige Leuchter.