Das Niedersächsische Ministerium für Umwelt, Energie und Klimaschutz (MU) als zuständiges Fachministerium ist die Oberste Immisssionsschutzbehörde des Landes Niedersachsen. 

Die Hansestadt Lüneburg ist Untere Immissionsschutzbehörde. Es werden dort immissionsschutzrechtliche Genehmigungen und Beschwerden bearbeitet. Die Aufgaben sind grundsätzlich aufgeteilt zwischen der Unteren Immissionsschutzbehörde und dem Staatlichen Gewerbeaufsichtsamt Lüneburg. Mit wenigen Ausnahmen ist die Hansestadt Lüneburg für die nicht genehmigungspflichtigen Anlagen zuständig. 

Um schädliche Umwelteinwirkungen auf ein Mindestmaß zu beschränken, überwacht die Immissionsschutzbehörde genehmigungspflichtige und nicht genehmigungspflichtige Anlagen, ordnet im Einzelfall Maßnahmen an und verfolgt entsprechende Ordnungswidrigkeiten. 

Zu den Aufgaben gehört auch die Beurteilung von Bauvorhaben hinsichtlich schädlicher Umwelteinwirkungen und die Beteiligung als Träger öffentlicher Belange an Bauleit- und Raumordnungsplanungen.